由于生产蜂花粉是在室外进行，因此蜂花粉中难免含有各种微生物及有些昆虫产的虫卵，这些对蜂花粉的加工、贮存等都不利，因此蜂花粉需要进行灭菌。
蜂花粉的常用灭菌有乙醇灭菌、紫外线灭菌、60Co辐照灭菌及微波灭菌等。
1、乙醇灭菌：将蜂花粉摊开，用80%～85%的酒精喷洒，边喷边翻动。根据花粉的含水量及乙醇的用量，计算乙醇的总浓度达75%左右为好。再将蜂花粉封闭2～4小时。取出蜂花粉，置于无菌的干燥室中干燥，挥发乙醇，包装备用。
2、紫外线灭菌：选择无虫丝、无杂质、无霉变，含水量6%以下的蜂花粉，按一定的厚度平铺于紫外灯下，进行紫外线照射，密封备用。紫外线在空气中有一定的穿透力。但对于花粉粒的穿透力较差，原因是蜂花粉团中的各花粉粒，它们都有一定的直径，花粉粒相互之间粘靠在一起，紫外线杀菌能力会减弱或根本就达不到杀菌目的，所以紫外线虽可用于花粉灭菌，但是效果不理想。
3、钴60(60Co)辐照灭菌：把已挑选优质的蜂花粉，根据要求包装好，把已包装好的蜂花粉置于放射源下，以一定照射剂量进行处理，即得所需要的灭菌花粉。60Co照射花粉，效果显著。例如有一包油菜花粉，经60Co照射前细菌总数为59000个/g，经20Rad60 Co照射后，细菌总数减少到760个/g。照射剂量越大，细菌总数减少越多，例如茶花花粉经5Rad60 Co照射后细菌总数为1660个/g;10Rad60 Co照射后细菌总数为255个/g;30Rad60Co照射后细菌总数则减少到85个/g。这种方法不污染环境，不消耗能源，简便可靠。
4、微波灭菌：它是利用物质在微波炉腔内与微波场相互作用，吸收微波能转化为热能，使物质温度上升达到加热、干燥、灭菌的目的。它不是通过热辐射、热对流和热传导等方式进行加热。微波灭菌，具有清洁、安全、迅速等优点。
把牛皮纸铺放在微波炉的托盘上，再摊放花粉，由中心向外均匀增厚，最外缘与中心厚度之比近于3：l 。花粉摊好后将炉门关紧，定时钮旋到30秒处，功率选择控制器定在高档上，然后启动开关。30秒后停机，开门，用玻棒翻动花粉散热2分钟;将花粉摊好，关炉门，再处理30秒钟后停机，开门翻动花粉散热，等温度降到30℃即可装袋密封保存。
微波炉处理时间不宜过长，否则花粉会被烧焦炭化。如用高档处理40秒，测量中心部分的温度达78℃，边缘处为64℃。处理的花粉颜色明显加深。如果处理60秒，花粉则完全炭化，测量中心部分温度达到110℃。在时间连续处理时，由于热盘的温度过高，不易散热，故间隔散热的时间要相应延长，或用备用托盘轮换处理。托盘必须垫牛皮纸，处理过程中的花粉不可加盖玻璃板，否则花粉容易焦糊、炭化。
