蜂花粉是否会引起过敏是人们普遍关心的问题。日本医学博士有川清康认为：通常人们所说的花粉过敏症，是指风媒花粉所引起的，由于风媒花粉质量轻，易在空气中漂浮扩散，当人的鼻、眼吸入风媒花粉时，有些人会出现打喷嚏、流鼻涕、奇痒等过敏症状。但由于蜂花粉是虫媒花粉，不存在过敏反应。日本东京大学牧野壮平也认为作为营养食品的蜂花粉是绝对安全的。
极少数人服用蜂花粉后会出现腹隐痛、皮疹等现象，但停服后即愈。这种过敏症，可能与服用者体质、遗传等因素有关。正如有些人吃了螃蟹、海鲜、牛奶等会引起过敏一样，但人们仍然把以上食品当作美味食品而广泛食用。
